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 Microarray Image Analysis Innovation

　マイクロアレイ用イメージ解析ソフトウェア MicroVigene™ version 2.2 は、DNA、RNA、タンパク質、抗体などの各マイクロアレイに関するイメージ解析において感度と正確性を大幅に改善し、信頼性の高い解析結果を提供します。

MicroVigene™ version 2.2 は次のような機能を備えています。 　

・ 4階層までの画像レイアウトをサポートしています。

・ ワンクリックで画像解析結果が得られます。

・ スポットのずれた画像や弱いスポットのイメージ画像に強く、正確なグリッドとスポット強度が得られます。

・ バックグラウンドサブトラクション、ダスト除去、フラグ付加を自動的に行います。

・ 使いやすいバッチ処理やプラグインのサポート等、多彩な機能を備えています。

        

Q1:  MicroVigene は、画像ブロックの検出、グリッドの調整、スポット検出を自動的に行うことができますか？

A1:  MicroVigene は、100ピクセル以上離れた画像ブロックを検出することができます。 また、MicroVigene では手動で画像ブロック（矩形）を指定し、テンプレートに保存することが可能です。 MicroVigene は、グリッドパターンが見える状態であれば、自動的にグリッドの調整、スポット検出を行うことができます。

Q2:  MicroVigene は、グリッドのラインが歪んでいる場合でも、正確にグリッドを配置することができますか？

A2:  MicroVigene は、柔軟なグリッディングを行うため、以下に示すようにグリッドのラインが歪んでいる場合でも、正確にグリッドを配置することができます。

Q3:  もしMicroVigene が正確にグリッドを配置できなかった場合、どのような処理が可能ですか？

A3:  ユーザーは、ROI（1つのブロック画像を含む「関心の領域」）を右クリックし、ポップアップ・メニューの「アンカー表示（Show Anchor）」を選択することにより、3つのアンカー・ポイント（左上、右上、左下）を設定することができます。アンカー・ポイントをドラッグし位置を合わせた後、「実行（GO）」ボタンをクリックすれば、スポットの再検出が実行されます。

Q4:  MicroVigene は、どのようにしてスポット検出を行うのですか？ スポットの境界（輪郭）の検出、スポット中心点の検出、のどちらを行っているのでしょうか？

A4:  MicroVigene は、スポット中心点ではなく、スポットの境界を検出します。 スポットの境界の検出は、スポット中心点の検出よりも非常に難易度が高く、集中的な計算処理が必要な手法です。 それでもなお、スポット境界の検出を行うメリットは大きく、MicroVigene では1画像の解析を1分以内で処理することが可能です。（次のFAQを参照してください。）

Q5:  なぜ、スポット中心点の検出よりも、スポットの境界の検出が有力なのですか？

A5:  スポットの境界を正確に検出することにより、スポット中心点の検出に比べスポットを正確に配置することが可能です。 さらに、画素単位でバックグラウンドとスポットを正確に分離することができるため、バックグラウンド・サブトラクションを正確に実行することが可能となります。

Q6:  どのようにして、スポットが正確に検出されたか否かを確認するのですか？

A6:  人間の目は最大でも64のモノクロ階調を見分けることしかできないので、特に弱いシグナルについて、画像を調べることは容易ではありません。 MicroVigene は、三次元のスポット形状画像を表示することができるため、スポットが正確に配置されているか否かをはっきりと確認することが可能です。 三次元表示機能を備えることで、画像解析におけるデータ精度は大幅に改善されました。

Q7:  MicroVigene はバッチ処理を行うことができますか？

A7:  異なるフォルダ内のファイル・セットを指定することで、バッチ処理を実行することが可能です。 デフォルトでは、1つのテンプレートが全ファイルに適用されます。 ユーザーは、特定のファイルまたはファイル・グループに対して別のテンプレートを指定することもできます。 また、定義済みセットから操作を選択することも、プラグインを使って操作を設計することもできます。（次のFAQを参照してください。）

Q8:  ニーズに合わせて MicroVigene の機能を拡張することはできますか？

A8:  MicroVigene では、C# または VB.Net で DLL を記述することで、MicroVigene の機能を追加することができます。 例えば、MicroVigene から全スポット測定データを抽出するプラグインを作成し、ユーザー独自のデータベースに取り込んで、より詳細な統計解析を実行することが可能です。 登録ユーザーは、プラグイン画面とサンプルを利用することができます。

Q9:  MicroVigene はどのような種類の画像レイアウトに対応していますか？

A9:  MicroVigene は3階層までの画像レイアウトに対応しています。 つまり、1画像に含まれるブロックの行数及び列数、各ブロックに含まれるメイングリッドの行数及び列数、各メイングリッドに含まれるサブグリッドの行数及び列数に上限はありません。

Q10:  MicroVigene は同一画像に複数のレイアウトが混在している場合、処理することができますか？

A10:  はい。MicroVigene では、構造化可能なオブジェクトを処理することが可能です。ブロックなどのオブジェクトは、任意の行数及び列数のメイングリッドまたはサブグリッドと、グリッド及びスポットの配置に関する設定をもつことが可能です。

Q11:  MicroVigene のアウトプットはどのような形式に対応していますか？

A11:  MicroVigene は現在 text, Excel, XML の各形式でデータを出力することができます。 また、任意の形式でデータを出力するためのプラグインを作成することも容易にできます。（次のFAQを参照してください。）

Q12:  MicroVigene では、グリッドやスポットを保存することができますか？

A12:  グリッドやスポットは、画像ファイルと同名の .vgs 形式で保存されます。 「画像ファイルを開く（Open/Image）」メニューまたは「スポットファイルを開く（Open/Spots）」メニューで保存されたグリッドやスポットを表示させることができます。 「画像ファイルを開く（Open/Image）」メニューと「スポットファイルを開く（Open/Spots）」メニューの違いにご注意ください。 「画像ファイルを開く（Open/Image）」メニューで開いた場合、初めに画像を読み込み、その後グリッドやスポットをその上に重ねて表示します。 一方、「スポットファイルを開く（Open/Spots）」メニューで開いた場合、初めに既存のグリッドやスポットを削除し、その後グリッドやスポットを読み込み、既存の画像の上に重ねて表示します。

Q13:  MicroVigene には、ユーザーが三次元のシグナル強度プロファイルを確認することができる三次元表示機能がありますか？

A13:  MicroVigene は、おそらく唯一の、インタラクティブな三次元表示機能を組み込んだマイクロアレイ画像解析ソフトウェアでしょう。この機能によりMicroVigene では、スポットが正確に配置されているか否かを確認することができます。また、この三次元表示機能により、スポット配置の精度は大幅に改善されました。

Q14:  MicroVigene は、参照データとサンプルデータの相関グラフを表示することができますか？

A14:  はい。相関グラフにプロットされた各点は、画像内のスポットとリンクしています。 ユーザーがグラフ上の点をクリックすると、対応するスポットが強調表示されます。また、画像内のスポットをクリックした場合、対応するグラフ上の点が強調表示されます。

Q15:  グリッド表示画面で fold change を表示させることはできますか？

A15:  はい。 fold change 内の各行は、画像内の一組のスポットとリンクしています。 ユーザーが fold change 内の行をクリックすると、対応する一組のスポットが強調表示されます。また、画像内のスポットをクリックした場合、対応する fold change 内の行が強調表示されます。

Q16:  MicroVigene は、各スポットと GeneID を関連づける plate-map ファイルを読み込むことができますか？

A16:  MicroVigene は、各スポットと GeneID を関連づける、タブ区切りテキスト形式の plate-map ファイルを読み込むことができます。 付属の plate-map ファイルのサンプルが利用できます。

Q17:  MicroVigene は、どのようにして薄く弱いスポット画像を処理するのですか？

A17:  スポットシグナルがバックグラウンドの１標準偏差よりも弱い場合、シグナルは無視して結構です。 MicroVigene では、ユーザーが何単位の標準偏差を最小シグナルとして設定するか選択することができます。 例えば、値を0.1に設定した場合、標準偏差の0.1未満のシグナルは、0.1*標準偏差に再設定されます。 マイナス値を設定した場合、最小値は設定されません。

Q18:  MicroVigene は、自動的にダスト除去を行いますか？

A18:  MicroVigene は、自動的にダストを検出し除去することができます。 正確にダストを検出することは、マイクロアレイ画像解析において重要で難しい処理です。 MicroVigene では、薄いダストも濃いダストも検出するために、3つのダスト・パラメータ（閾値、最大の直径、最小の平均値）を設定することができます。

Q19:  よくないスポットに印をつけることはできますか？

A19:  はい。ユーザーはツールバーで機能を選択し、スポットをクリックするか、範囲を選択することで、よくないスポットに印をつけることができます。

Q20:  ユーザーが手動でスポットを移動させることはできますか？

A20:  はい。MicroVigene では、スポットをクリックした後、矢印キーを使ってスポットを移動するさせることが可能です。 すべてのスポットの移動が完了した後には必ず、Analysis menuでシグナルの再計算を実行してください。（手動での移動はお勧めできません。ほとんどの場合、Option dialogのSpot pageで設定値を調整することで回避できます。）

Q21:  画像コントラストを変更することはできますか？

A21:  Image/Range menuで画像コントラストを変更することが可能です。 また、MicroVigene では自動で画像コントラスト調整を実行することができます。 ユーザーは、Option dialogのGeneral pageで高低範囲を修正することにより、自動画像コントラスト調整の設定を変更することが可能です。 一般的に、一度設定されたコントラストを変更する必要はまずありません。

Q22:  MicroVigene は関連したサンプルの画像を重ね合わせて、カラー合成画像を作成することはできますか？

A22:  はい。MicroVigene は指定した名前の規則に基づき、自動的に関連したサンプルのペアの画像を重ね合わせて表示することができます。 ユーザーは、合成画像からグリッド・スポットを検出するだけで済みます。 相関グラフや fold change は、合成画像から直接表示させることが可能です。

Q23:  なぜ、グリッドラインが適切に配置できない場合があるのですか？

A23:  画像にノイズが非常に多く含まれている場合、MicroVigene はうまくスポットを検出することができなかったり、適切にグリッドを配置するために間違ったスポットを数多く抽出したりする場合があります。 Analysis/Find/Boundary Spots menuを選択し、スポットの境界を検出してください。 間違ったスポットが数多く抽出されている場合には、感度を下げる、並べ替え基準値を上げる、などの調整をして、再実行してください。一方、境界付近に十分なスポットが検出されない場合、感度を上げて再実行してください。 それでもうまく検出されない場合、ROI を右クリックしてポップアップメニューのShow Anchorを選択してください。 アンカーがスポット境界に沿って整列するようにドラッグし、ツールバーのGOボタンをクリックして、グリッド及びスポットを検出してください。 もしもグリッドパターンが明確で、しかも、何らかの理由によりグリッドが正確に配置されていない場合は、画像データをメールでお送りください。十分に調査し対処したいと思います。 アンカーを使用することで解決させるのではなく、原因を調査できるよう状況をお知らせください。 くれぐれもご自身だけで解決しようとせず、私どもにお手伝いさせていただきたいと思います。

Q24:  MicroVigene を選ぶ理由とは？

A24:  MicroVigene は、ユーザーの皆様に最高の品質、性能、柔軟性、及び、拡張性を提供できると私たちは考えます。 MicroVigene の開発がスタートする以前から、既に何十ものマイクロアレイ画像解析ソフトウェアが市販されていました。 しかし、最高の品質が得られない模倣製品をもつことに何の意味もありません。 ぜひ私どもにサンプル画像をお送りください。 MicroVigene による解析結果をご返送いたします。 解析結果を見れば自ずとその品質が明らかになるでしょう。 MicroVigene と他のソフトウェアとの違いを比較していただければ、ご自身から進んで MicroVigene への切り替えを決断してくださるはずです。